Sau khi ngài qua đời không lâu, tháng 1 năm 897, tất cả kẻ thù của ngài liên minh lại trả thù ngài một cách ghê gớm: xác chết của ngài bị quật lên khỏi mồ, đặt ngồi trên một chiếc ghế, để đại hội công đồng, do Tân Giáo hoàng Stêphanô VI, một trong những kẻ thù của ngài chủ trì, xét xử. Đây được gọi là "công đồng xác chết". Toàn bộ quá khứ của vị Giáo hoàng quá cố đều được khui ra; nào là những vụ phiêu lưu, âm mưu, thiếu sót đối với pháp luật... Một giáo sĩ, bị khủng bố, sợ chết điếng, trả lời thay mặt người chết, đã "thú nhận" hết mọi tội ác.

Thế là người ta cử hành lễ nghi giáng chức người chết, lột phẩm phục Giáo hoàng đã dính khắng vào thịt rữa, đến cả cái áo nhậm mà vị khổ hạnh này vẫn mặc bên trong cũng lột luôn. Người ta chặt các ngón tay phải của ông, với lý do là những ngón tay bất xứng đã từng giơ lên chúc phúc cho dân. Cuối cùng xác chết được giao cho quần chúng vứt xuống sông.

Dân chúng phẫn nộ, nổi dậy, Giáo hoàng Stêphanô VI bị lật đổ, bị bỏ tù, rồi bị siết cổ. Cố Giáo hoàng Formôsô được phục hồi danh dự, công vụ của "công đồng xác chết" bị huỷ bỏ. Sóng trên sông Tibrô đưa di hài Đức cố Giáo hoàng dạt vào bờ, người ta rước kiệu xác ngài vào đền thờ Thánh Phêrô, để đền tội. Tương truyền rằng cả đến các tượng các Thánh cũng cúi đầu chào kính, khi linh cữu đi qua.

Một năm sau vụ án này, một Công đồng được triệu tập quyết định rằng cấm đối xử tàn nhẫn với các Giám mục đang tham dự các hội nghị và cấm đưa đơn kiện những người đã chết.